Fundado en 1942 en el Principado, es el club decano del fútbol andorrano. Desde sus inicios, hace ya 80 años, está afiliado a la Real Federación Española de Fútbol y adscrito a la Federación Catalana, ya que por aquel entonces en el momento de su fundación no existía una Federación Andorrana. Esta es la razón por la que excepcionalmente el FC Andorra puede disputar partidos de la Liga Española y de la Copa del Rey.
En sus comienzos, los tricolores como popularmente se le conocen, compitieron en categorías regionales, hasta que en el año 1977 ascendió por primera vez en toda su historia a Tercera División, consiguiendo solo tres años más tarde el ascenso a la categoría de bronce del fútbol español, la Segunda B, donde se mantuvo a lo largo de 17 años, a excepción de un año, el de la temporada 1986/87, que jugó en Tercera. Sin duda, el primer gran éxito liguero del cuadro andorrano tuvo lugar en la campaña 1988/89, en la que quedó subcampeón de su grupo, a tan solo 5 puntos del ascenso a Segunda División A. La temporada siguiente volvieron a pelear por ese ascenso, pero esta vez se quedaron más lejos, quedando en 4ª posición.
Uno de sus grandes logros fue cuando en 1994 se proclamó campeón de Cataluña tras alzarse con la Copa Cataluña, eliminando al FC Barcelona en semifinales y venciendo en la final al Espanyol.
Comenzaron años muy malos para el equipo del Principado a partir de que en 1997 volviera de nuevo a la Tercera División. No lograron volver a Segunda B, pero tampoco quedarse en Tercera, ya que años más tarde acabó encadenando tres descensos consecutivos, llegando a situarse en Primera Territorial Catalana.
Tras varios años en los que el club rozó la desaparición, llegó el año 2018, el que sería el punto de inflexión del FC Andorra. A finales de ese año, la empresa Kosmos Sportis dirigida por el jugador del FC Barcelona, Gerard Piqué, compró el FC Andorra para intentar devolver a la entidad tricolor a los escalafones más altos del fútbol español. Esa misma temporada, el equipo logró el campeonato del grupo II de la Primera Catalana, lo que le devolvía de nuevo a Tercera División, además de poder disputar de nuevo la Copa del Rey tras muchos años sin hacerlo.
Sin embargo, a pesar de conseguir el ascenso a Tercera División, el FC Andorra no volvería a jugar en esa categoría, y no lo hizo porque acabó jugando en Segunda B. La RFEF confirmó que la plaza del Reus tras el descenso administrativo del cuadro catalán la ocuparía el equipo de Gerard Piqué tras haber depositado los más de 400.000 euros que se exigían para poder aspirar a dicha plaza.
De esta forma, el cuadro del Principado de Andorra firmó un doble ascenso en una misma temporada; el que consiguió en el campo ascendiendo a Tercera División y el que logró en los despachos con el ascenso a Segunda B. Un equipo que disputaba la Primera Catalana pasó directamente a competir de nuevo en la categoría de bronce del fútbol español.
Un regreso que bajo la nueva propiedad fue todo un éxito, firmando un gran primer año en el que acabaron como novenos clasificados hasta la suspensión de la competición, mientras que al año siguiente, además de conseguir el ascenso directo a Primera RFEF, lograron disputar el playoff de ascenso a Segunda A en Extremadura, donde cayeron eliminados en el primer partido ante la Real Sociedad B, quien sería finalmente uno de los equipos que logró el ascenso.
Esta temporada no ha sido menos, y continúan con su apuesta firme de llegar al fútbol profesional, y por el momento se encuentran peleando por esa primera posición del grupo para jugar por primera vez en toda su historia en Segunda A.
